Gon est un jeune garçon courageux, élevé par sa tante, qui vit dans un petit village sur une île. Un jour, arrive un Hunter qui dit connaître le père de Gon mais surtout qui lui explique Gon que son père est vivant et est un Hunter très réputé. Il lui donne alors une sorte de carte mémoire pour entrer dans un jeu nommé Greed Island, fabriqué par son père : Jin.
Gon décide alors de quitter sa tante afin de le retrouver. Mais pour cela, il doit d'abord devenir un Hunter.
Sur sa route, Gon va rencontrer de nombreux obstacles et ennemis mais aussi, grâce à son caractère très enjoué réussir à se faire des amis, eux aussi désireux de devenir Hunter. Ainsi, Kurapika, personnage androgyne, dernier survivant de sa tribu veut devenir Hunter pour se venger. Léolio, pour être soit disant riche. Et Kirua, qui au fil des volumes va devenir le compagnon de Gon, veut juste devenir Hunter pour s'amuser.
Mais voilà, l'examen de passage pour devenir Hunter est le plus convoité et est donc semé d'embûches et de rivaux en tout genre.